无菌室总体要求：无菌室空气净化级别为10万级，整体布局应合理，使用操作方便，各功能间分区明确，能够满足实验室认证认可的要求。
缓冲间内的设施布置要求：缓冲间包括一级缓冲和二级缓冲，一级缓冲挂衣装置能满足将普通工作服与实验室工作服分开挂放的要求，一个更鞋柜。二级缓冲内应设一洗手池（建议600*450㎜，配备自动感应水龙头），下方不带柜体，做到不留死角，以便于清洗。
其他部分建筑要求：为了保证无菌室的四周维护、吊顶和地面等平整、防滑、无缝隙、易清洁、不渗水、耐化学品和消毒剂的腐蚀，对建筑的其他部分提出一些特殊要求：
1、四周围护结构：围护结构的外围墙体应有适应的抗震和防火能力。隔断墙采用厚度50㎜的夹芯彩钢板，两侧为0.476㎜厚灰白色阻燃型聚苯乙烯彩钢板。中间泡沫容重为16㎏/m3,单面15g覆膜。框架柱应采用彩钢板装饰。彩钢板阴阳角应采用铝合金型材装饰，其中铝合金圆弧及底板的规格为R＝45，非彩钢板墙面采用乳胶漆：天花板、地板、墙面的交角均为圆弧形且可靠密封。
2、吊顶：采用总厚度50㎜的夹芯彩钢板，两侧为0.476㎜厚来白色阻燃型聚苯乙烯彩钢板，中间夹芯层泡沫的容重为16㎏/m3，单面15g覆膜。高度统一为2.4±0.2m。
3、地面：铺设3㎜厚的环氧自流坪地面（绿色）。所有地面不应留地漏，所有出入口处应采用防止节肢动物和啮齿动物进入的设计。
4、门及窗户：内走廊处一级缓冲、一级缓冲与二级缓冲之间的门采用铝合金推拉门，二级缓冲与无菌区之间的门均为彩钢板密闭单开门。无菌区与中央台之间的彩钢隔墙上应分别设一扇铝合金密闭可视窗（1300*1100㎜）、一个或两个全不锈钢连锁传递窗（600*600*600㎜），传递窗双门不能同时处于开启状态，传递窗内应设紫外消毒装置。
无菌室空气净化工程是属于生物净化工程的一种，一般无菌室要求的洁净度为万级，标准的微生物检测实验室都会专门开辟5~8个平方出来建造无菌室，无菌室只要够放置实验室样品及必需的设备即可，面积无需过大而造成浪费，面积过大对于做无菌室空气净化工程来说不仅仅是提高建造成本而已，日后的运行及维护费用也会高的令人惊讶。一般微生物检测按照实验室行业要求都需要在无菌室中进行，很多食品菌、微生物等都是在超净工作台中完成检测和化验的。
随着社会科技发展，国家越来越重视食品安全问题，无菌室空气净化工程也在不断的普及。有了无菌室净化工程，将超净工作台放置于无菌室内操作，使实验环境更加洁净，实验样品不易于被污染。 无菌室内配置了百级超净工作台也并不是所有细菌都可以进行实验的，一般常规的菌落总数、微生物培养、血细胞培养、研究、干细胞研究、大肠菌等实验可以在百级超净台进行。但是如果需要做致病细菌，为了达到保护实验室人员的安全问题，就必须得建造生物安全实验室，使用生物安全柜进行实验。该类实验不能在普通的无菌实验室中进行。
无菌室外源性污染源，主要是通过门和无菌室内外通道侵入的室外空气。因此无菌室的布置通常都采用按照工艺操作的关键程度，洁净度的高低由里往外逐级减弱，抵御室外污染空气的侵入。同时为物料和人员进出无菌室设置相应的控制措施，例如物料的气闸、人员的无菌更衣系统以及室内废弃物传递出来的通道等。无菌室内的污染源，主要来自于无菌室内必要的操作人员和部分工艺设备，通常无菌室内操作人员的四周区域是洁净度最差的区域，也是无菌技术中重要的控制内容。
在无菌室的设计中，通过向室内输送定量的洁净空气，稀释置换室内已使用过的洁净空气，将脏空气排出室外，使室内的空气洁净度等级达到100000级、10000级或局部达到100级的空气洁净度要求，室内已使用过的脏空气由清洁的空气取代，在空气的稀释置换设计中，脏空气与清洁空气持续地混合稀释，逐渐减少房间中的微粒负荷。置换稀释设计对洁净区域的空气净化系统的设计有很高的要求，而且必须考虑无菌室的布局和操作方式，还要为关键区间提供合适的局部单向空气流动保护，需要注意与空气净化系统供应的空气一样，满布高效空气过滤器的单向流动罩产生的空气流动也可以置换稀释房间中空气传播的微粒，这种空气流动会增加有效的房间空气交换率，并有助于污染空气置换稀释。无菌室内空气置换稀释污染系统设计时应注意：洁净空气供应的体积应足以抵消空间中不断产生的微粒数，以此维持工艺操作的基本条件要求；室内空间供应的空气应比普通维持条件下空气更清洁；要求混合供应的清洁空气应满足去除房间内含有微粒的空气，以达到室内空气置换稀释的作用。
无菌室内天花板应与风管、管道、灯具、风口等的安装脱开，光滑、无裂缝，易于清洗。无菌室的门窗材料应选择耐受性好、自然变形小、制造误差小、容易控制缝隙、气密性好的材料，最好采用双层中空玻璃结构的双层窗，既节约空间、又节约能源，还可以避免玻璃窗结露引起霉变，造成污染；窗尽量采用大玻璃，这样可减少积灰点，又有利于清洁工作。